Alıcıya e-Fatura sistemi üzerinden başarıyla iletilmiş bir e-Faturaya mevzu olan malların, alıcısı tarafından teslim alınmaması ve stok kayıtlarına hiç girmemesi veya herhangi bir mal iadesi olmaksızın yalnızca hatalı bir fatura olması, alıcısının faturayı kabul etmek istememesi vb. durumlarda;
söz konusu faturaya itiraz edilebilmektedir. Ancak iade faturası düzenleme zorunluluğu yoktur.
Mevzu bahis fatura, e-Fatura sistemi üzerinde başarıyla gönderilmiş olmasına rağmen, uygulamada bir mal ya da hizmet alımı olmadığı halde düzenlenmişse faturanın, alıcısı tarafından yasal defter kayıtlarına alınma zorunluluğu yoktur.
Ancak hatalı düzenlenerek muhasebe kayıtlarına giren e-Faturanın düzeltme kaidelerine göre ters kayıt ile düzeltilmesi gerekmektedir. Düzeltme kayıtlarının tevsik edici bilgi ve belgeleri olarak, alıcı tarafından yapılan itirazlarla ilgili bilgi ve belgeler, muhasebe kayıtları ile beraber muhafaza edilerek, gerektiğinde ibraz edilmesi icap etmektedir.