e-Fatura mükellefleri gerek kendi sistemlerinde gerekse e-Fatura Uygulamasında meydana gelebilecek arıza ve kesinti olması halinde fatura düzenleyebilmek için gerektiği kadar matbu fatura bulundurmak zorundadır.
Mali Mührü arızalanan e-Fatura mükellefleri, yeni Mali Mühürlerini temin edinceye kadar "kendi sistemlerinde arıza veya kesinti durumunun bulunması" sebebiyle, kağıt fatura düzenleyebilirler. e-Arşiv uygulamasından özel entegrasyon yöntemi ile faydalanan mükellefler ise e-Arşiv Fatura düzenleyebilirler.
Durumu anlatan bir dilekçeyle GİB'na yazılı başvuruda bulunan ve uygulamadan portal yöntemi ile faydalanan mükelleflere, GİB tarafından portal uygulamasına girebilmeleri ve kendilerine düzenlenen faturalara erişebilmeleri için geçici kullanıcı adı ve şifre verilmektedir.
Fakat bu zaman zarfında düzenlenen matbu faturaların yetkili makamlara ibrazı durumunda, işlemin esas mahiyeti hakkında izahat verme ve Mali Mühürlerinde arıza olduğunun durumu tevsik edici başkaca belgelerle (Tübikat KamuSM'ye yapılan başvuruya ilişkin dilekçe, GİB'e yapılan bildirime ait dilekçe vs.) tevsik etme sorumluluğu mükellefe aittir.
Ayrıca mükellefler bu tarz sorunlarla karşılaşmamak için birden çok Mali Mühür temin etme imkanına sahiptirler.